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    • オートファジーによる選択的細胞内分解のメカニズム（阪井康能）
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    • ユビキチンリガーゼの多様性の解析（嘉村巧、畠山鎮次）
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  • 公募研究2009年度（35課題＜五十音順＞）
    • Ｔ細胞ホメオスターシスにおけるミトコンドリア形態制御の関与に関する検討（石戸聡）
    • ＢＲＣＡ１ユビキチンリガーゼによるＤＮＡ損傷応答（太田智彦）
    • タンパク質分解を介した核内受容体機能と生物学的意義の解明（大竹史明）
    • タンパク質分解系による心不全制御機構の解明（大津欣也）
    • 膵炎発症とオートファジー−Ｓｐｉｎｋ３によるオートファジーの制御機構（大村谷昌樹）
    • 神経特異的ユビキチンリガーゼＫｓｐｏｔによるシナプス制御（岡野ジェイムス洋尚）
    • ２型糖尿病を発症させるアミロイド（アミリン）の蓄積と分解に関わる因子の網羅的探索（親泊政一）
    • ＣＯＰ１−ＣＵＬ４−ＣＳＮ制御系による哺乳類細胞増殖とチェックポイント調節の理解（加藤順也）
    • 亜鉛フィンガードメインＵＢＺファミリーのユビキチン結合特異性の解明（川崎政人）
    • リソゾーム蓄積症の病態形成にオートファジーが果たす役割について（小池正人）
    • 細胞膜タンパク質の分解とその調節の分子機構（駒田雅之）
    • オートファジーアクセサリー分子群の遺伝学的機能解析（小松雅明）
    • ＳＣＦ（ｃｄｃ４）ユビキチンリガーゼによる染色体形成制御（篠原美紀）
    • Ａｔｇタンパク質の局在情報を基盤としたオートファゴソーム形成の分子機構（鈴木邦律）
    • 膜内切断（ＲＩＰ）プロテアーゼの細胞機能（千葉志信）
    • 膜マイクロドメイン局在化とγセクレターゼ活性制御機構の解明（富田泰輔）
    • 神経変性疾患におけるタンパク質分解経路間のクロストークの個体レベルでの統合的理解（永井義隆）
    • ゴルジ体膜内分解制御機構の解明（中村暢宏）ゴルジ体膜内分解制御機構の解明
    • 胸腺プロテアソームの機能（新田剛）
    • オートファゴソーム形成の素過程：初期と終期の解析（野田健司）
    • 滑脳症治療への挑戦：カルパインによるリスワン分解機構の解明（広常真治）
    • 概日時計システムにおける周期決定因子ＣＲＹ２の分解タイミングの制御機構（深田吉孝）
    • 脂肪滴に局在する蛋白質分解機構の解析（藤本豊士）
    • 蛍光相関分光法を用いたプロテアソームの時空間的制御機構の解析（白燦基）
    • 酵母カルパインホモログＣｐｌ１の活性制御機構の解析（前田達哉）
    • ＥＳＣＲＴ関連因子との相互作用によるカルパイン７／ＰａｌＢＨの生理機能（牧正敏）
    • 蛋白質分解による時空間的リン酸化シグナル制御機構の解明（松沢厚）
    • 高感度定量プロテオミクスを用いたユビキチンリガーゼ基質探索（松本雅記）
    • ２０Ｓプロテアソーム複合体構築に関与するシャペロン蛋白質の構造及び作用機構解析（水島恒裕）
    • ユビキチンリガーゼＣＨＩＰの標的となる新規腫瘍形成促進タンパク質の探索と解析（村山明子）
    • プロテアソームに結合する蛋白質の探索と解析（八代田英樹）
    • ＤＮＡヘリカーゼ活性を含有するユビキチンリガーゼＥ３（山尾文明）
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